แม้ว่าโซล่าเซลล์จะมีประโยชน์มากมาย แต่ก็ยังมีอุปสรรคสำคัญที่ผู้ใช้งานต้องเผชิญอยู่

1. ปัญหาจากเงาบัง : เงาจากต้นไม้ อาคาร หรือสิ่งกีดขวางอื่นๆ ลดทอนประสิทธิภาพการผลิตไฟฟ้าของแผงโซล่าเซลล์ได้อย่างมาก เนื่องจากแผงโซล่าเซลล์ทำงานแบบอนุกรม เมื่อแผงใดแผงหนึ่งโดนเงาบัง จะส่งผลกระทบต่อการผลิตไฟฟ้าของทั้งระบบ
   ความแตกต่างของ
2. ประสิทธิภาพแผง : แผงโซล่าเซลล์แต่ละแผงอาจมีประสิทธิภาพที่แตกต่างกันเล็กน้อยเนื่องจากกระบวนการผลิต หรือการเสื่อมสภาพตามอายุการใช้งาน ซึ่งส่งผลให้แผงที่มีประสิทธิภาพต่ำกว่าดึงประสิทธิภาพของทั้งระบบลง
3. การตรวจสอบและบำรุงรักษายาก : การตรวจสอบปัญหาของระบบโซล่าเซลล์แบบเดิมทำได้ยาก เนื่องจากต้องตรวจสอบแต่ละแผงทีละแผง ทำให้การแก้ไขปัญหาทำได้ล่าช้าและมีค่าใช้จ่ายสูง
4. ความกังวลด้านความปลอดภัย : ระบบโซล่าเซลล์มีกระแสไฟฟ้าแรงสูงไหลเวียนอยู่ จึงมีความเสี่ยงด้านความปลอดภัย เช่น ไฟฟ้าช็อต หรือไฟไหม้ หากติดตั้งหรือบำรุงรักษาไม่ถูกต้อง
5. ต้นทุนการติดตั้งสูง : แม้ว่าราคาแผงโซล่าเซลล์จะลดลง แต่ต้นทุนการติดตั้งระบบโดยรวมยังคงสูงอยู่ ซึ่งเป็นอุปสรรคสำคัญสำหรับผู้ที่ต้องการลงทุนในพลังงานสะอาด